在政治经济学的四大领域内，政治经济哲学和本国政治经济学的研究是起步最早的。这不难理解，前者涉及思想、理念，一般都是一个学科的源头；后者是研究发生在学者身边的事务，更能引起注意。国际政治经济学与比较政治经济学的研究则需要更多的国外知识和更强的学术动力来完成，因此这两个领域是随着交通、科技的进步和国际体系的形成而逐渐发展起来的。（注：阿尔蒙德、鲍威尔在1966写《比较政治学》对东西方和第三世界24个国家的政治体制、政治文化和政治决策进行了分析和比较，阿尔蒙德是行为主义政治学的主要代表之一。他提出用政治系统、功能、角色等新的概念术语代替国家、权力、职位等传统的政治学术语。他认为政治系统由相互作用的政治结构组成，如选民、利益集团、立法机关、官僚机构等。它依靠合法的强制力量支持，并与国内和国际环境持续发生相互作用。各政治结构又由各种相互关联、相互作用的角色组成。结构和角色这些术语是为了强调参与者的实际作为。他还提出，研究任何政治系统，除了了解它的实际作为外，还要了解它的基本倾向，它的心理方面即政治文化。
1956年，阿尔蒙德提出政治体系的新分类方法，即把大多数国家的政治制度分成英美型、前工业化型、极权型和欧洲大陆型4种 ，并应用于分析西欧、 北美洲和亚洲、非洲、拉丁美洲国家的政治模式。1980年，他采用一种简单的分类法，把大多数国家在经济上主要划分为工业发达国家和发展中国家，在政治上主要划分为民主型政权和独裁型政权。通过比较不同政治系统的结构和功能，阿尔蒙德提出，政治发展就是在社会经济现代化较为广泛的环境中已经发生和正在发生的一系列相互关联的政治系统、过程和政策的变化。 ）
但应该说，从政治经济学的出现开始就不可能没有比较的成分存在。从亚当•斯密的《国富论》（The Wealth of Nations）（1776）到卡尔•波兰尼（Karl Polanyi）的《大转型》（The Great Transformation）（1944）、再到亚历山大•葛先克隆（Alexander Gerschenkron）的《历史视角下的经济落后》（Economic Backwardness in Historical Perspective）（1962），这些政治经济学的经典都不同程度地涉及到跨时间或跨空间的比较。不过，比较政治经济学的名称真正开始广泛使用、这个领域真正开始成型还是在二十世纪七十年代之后。
当代比较政治经济学有三个学术源头。第一个是1973年的第一次石油危机所引发的学术思考。在此之前政治经济学的研究在西方，特别在美国并不那么受重视。从冷战开始，国际安全就一直是国际关系、乃至政治学的重要研究课题。当时把国际安全称为“高级政治”（high politics），把国家间的经济关系叫做“低级政治”（low politics），可见当时对政治经济学研究的态度。但是，随着欧洲和日本经济在战后的迅速崛起，美国政治、经济力量的相对衰落已经在六十年代末显示出来，1973年的第一次石油危机不但使美国的经济雪上加霜，更使美国的相对衰落展现无疑。美国的学者们发现美国虽然没有被苏联的军事力量所击败，但石油价格的变化却可以使国力遭受重创，更不用说还要面对欧洲和日本日益增强的经济挑战，于是学者们开始重视政治经济学的研究。就是在这个大背景下，西方，特别是美国，有两部分学者分别开始了两个专题的研究，他们的研究为国际政治经济学和比较政治经济学这两个领域的形成奠定了基础。
一部分学者，如罗伯特•基欧汉（Robert Koehane）、罗伯特•吉尔平（Robert Gilpin）等 ，开始思考美国衰落以后国际经济合作的前景。吉尔平是霸权稳定论的倡导者，认为美国作为霸主的衰落必然会带来国际市场开放程度降低、国家间经济合作难以维持的局面。而作为新自由主义学派代表的基欧汉则认为美国霸权下建立起来的合作机制并不会随着美国的衰落而消失，它会在霸权衰落以后继续起到维持国际经济合作的作用。这两派的争论引发了后续的很多理论与实证的争论，其他派别也纷纷加入。但是这些争论和研究的核心一直是国际政治体系与国际市场的关系，于是国际政治经济学这个学术领域形成了。
在这些学者思考美国衰落后国际经济合作前景的同时，另一部分学者，如彼得•卡赞斯坦（Peter Katzenstein）、彼得•古勒维奇（Peter Gourevitch）、如彼得•贺尔（Peter Hall）等 ，开始比较不同国家应对经济危机的策略和这些策略的来源。这些学者与前一部分学者不同，从应对第一次石油危机到八十年代发达国家的经济调整，他们注重的是各个国家内部的政府、利益集团与市场的关系以及这些关系的跨时空比较。他们发现不同的历史制度、不同的社会联盟、不同的政商关系都会引发不同的危机应对策略、不同的经济调整过程。这些学者的研究为比较政治经济学的形成和发展奠定了基础。
比较政治经济学的第二个学术源头是关于发展问题的政治经济学研究。二十世纪六、七十年代发展问题的政治经济分析一直以依附理论为主。依附理论用中心-边缘体系来解释发展中国家的不发展，强调的是国际经济体系对发展中国家内部政治经济结构和关系的决定作用。但是，随着东亚发展的成功，很多研究区域发展的学者，如查默斯•约翰逊（Chalmers Johnson）、彼得•埃文斯（Peter Evans）等 ，逐渐通过比较性的研究揭示出国内的政府、利益集团及市场的关系并不能完全由国际体系所决定，而且这些关系往往能在一国的发展中起决定性作用。值得一提的是，发展问题不仅作为当代的重要政治经济问题来研究，也是一个重要的历史问题。从葛先克隆的《历史视角下的经济落后》（1962）、佩里•安德森（Perry Anderson）的《绝对主义国家的系谱》（Lineages of the Absolutist State）（1974）到麦可•曼恩（Michael Mann）和查理斯•梯利（Charles Tilly）的各种成果 ，很多学者一直通过比较的、历史的研究方法来探讨欧洲早期的发展问题。这些成果在方法上和理论上为发展问题的政治经济学研究提供了重要的基础。因此，这些对于历史和当代发展问题的政治经济分析成为比较政治经济学形成和发展的一个重要源泉 。
比较政治经济学的第三个学术源头是理性选择方法的推广。前文提到，十九世纪末经济学从古典政治经济学中分离出来，开始专注研究市场自身的运作规律。在很长一段时间内经济学家并不把政治因素放在研究范围内，政府只是在经济学家需要时才会出现，即使这样，政府本身也没有被作为研究对象。直到二十世纪六十年代随着集体选择理论、寻租理论、制度主义（注：新制度政治学）理论的出现 ，经济学家开始把经济学的研究工具用在研究政府、政治运作、以及政治经济关系上来。一个研究工具就是理性选择。它强调研究的“微观基础”，也就是以个人理性为基础来讨论人和人、人和组织、组织和国家的关系。例如，集体选择理论以个人理性为基础探讨什么样的组织或利益集团能够更好地解决“搭便车”的问题，从而产生高度的凝聚力，使其在政治运作中获取更大的利益。寻租理论把商人对财富最大化的追求延伸到政府里的官僚和政治家以进一步探讨政商关系。1982年著名经济学家曼库尔•奥尔森（Mancur Olson）出版了《国家兴衰探源》（The Rise and Decline of Nations）一书，用集体选择理论解释国家兴衰的规律。政治学家如罗伯特•贝茨（Robert Bates） 、玛格丽•莱维（Margaret Levi）等也在自己的研究里运用理性选择方法来探讨当代和历史上的发展问题 。他们的研究方法与那些以历史结构、国际体系、国家和社会集团为中心的研究方法形成鲜明对比，为比较政治经济学的形成和发展注入了新的血液。
以它的不同源头为基础，比较政治经济学在七十年代中期后的兴起和发展是沿着对发达国家经济调整的比较、发展中国家的发展问题研究以及理论与研究方法的不断创新来进行的，出现了像约翰•兹斯曼（John Zysman）的《政府、市场与增长》（Governments, Markets, and Growth）（1983）、卡赞斯坦的《世界市场里的小国》（Small States in World Markets）（1985）、弗里德里克•C•戴约（Frederic C. Deyo）（编辑）的《东亚模式的启示：亚洲四小龙政治经济发展研究》（The political economy of the new Asian industrialism）（1987）、道格拉斯•诺斯（Douglass North）的《制度、制度变迁与经济成就》（Institutions, institutional change and economic performance）（1990）、考斯塔•艾斯平—安德森（Gosta Esping-Andersen）的《福利资本主义的三个世界》（The three worlds of welfare capitalism）（1990）（注：法律出版社2003版）、埃文斯的《嵌入的自主性》（Embedded Autonomy）（1995）等一批经典之作。
但是，与国际政治经济学相比，比较政治经济学这个领域的规范化发展较慢。国际政治经济学领域在七十年代末就已经有教科书出现，八、九十年代更是层出不穷，而且书内的理论与专题也日趋接近，这说明这个领域已经变得很规范化。在中国，国际政治经济学类的教科书的出版从九十年代末开始也发展很快 。反观比较政治经济学领域，虽然比较政治经济学这个名称在八十年代已经开始被广泛应用，但迄今为止仍然处在定义不清、教科书缺乏的状态。
首先，几乎没有学者给比较政治经济学以明确的定义。史密斯（Smith）在1993年发表的一篇比较政治经济学近期作品评论中提到，这些比较政治经济学研究一般都集中在三个问题上，即：什么样的国家战略？为什么是这样的国家战略？以及这样的国家战略对经济的影响是什么 ？莱维在她2000年发表的文章中提出，比较政治经济学的三个中心问题是：政府在经济增长与发展中的角色是什么？国家的经济政策是怎样影响平等和自由的？经济因素是怎样限制政治决策的 ？把这些问题与前文关于政治经济学定义的讨论相比对，可以看出这都是政治经济学的核心问题，但是这些作者并没有区分政治经济学与比较政治经济学，更没有给后者以明确的定义。2002年出版的《政治学：学科现状》（Political Science: The State of the Discipline）专门有比较政治经济学一章，但作者根本没有介绍比较政治经济学这个领域发展的概况（而是具体地对货币、财政政策做了政治经济分析），就更不用说给比较政治经济学明确的定义了 。不仅文章是这样，以比较政治经济学命名的书籍也是如此（见下面的讨论）。
其次，相比于国际政治经济学教科书的数量，比较政治经济学的教科书也可谓凤毛麟角。已有的两本主要教科书，一本为《比较政治经济学》（Comparative Political Economy） ，出版于1990年，1997年再版，主要讨论的是发展问题，但缺少全面的理论介绍。另一本为《比较政治经济学理论》（Theories of Comparative Political Economy） ，出版于2000年，虽然强调理论，但由于作者特定的学术倾向，理论介绍并不完整，而且比较政治经济学的研究视角也比较单一。另外，2002年出版的《比较政治经济学：一个回顾》（Comparative Political Economy: A Retrospective）不是教科书，但以比较政治经济学为书名。作者查理斯•金德尔伯格（Charles Kindleberger）是著名经济史学家，长期从事国际政治经济学，特别是国际金融的研究。这本书是他以前发表的文章的合集，绝大部分文章应属于国际政治经济学范畴。国际政治经济学家吉尔平于2001年出版的《全球政治经济学：解读国际经济秩序》（Global Political Economy: Understanding the International Economic Order） 含有一些比较政治经济学领域的专题，是一本难得的将国际、国内政经互动一起介绍的好书。但是，这本书对比较政治经济学这个领域（它含有的各种理论范式与专题研究）的总体介绍既不全面也不系统，也没有把比较政治经济学作为一个独立领域。总之，比较政治经济学的教科书不但数量少，而且也没有给予比较政治经济学明确的定义，也许正因为如此，这些书中的内容，特别是所介绍的理论与专题都不尽相同。这说明了在西方比较政治经济学还是个发展欠规范的领域，而在中国则几乎没有成型。
在中国，以“比较经济学”、“政府经济学”或相近名称命名的书籍不少，它们为政治经济学在中国的发展作了有益的尝试，有些书的内容也涉及到比较政治经济学的部分内容 。但总的来讲，这些书都缺少对比较政治经济学理论与专题的全面介绍，大部分则比较靠近经济学的视角。杨龙教授的《西方新政治经济学的政治观》（2003）从政治学的视角加强了我们对政治经济学的理解，但也不是比较政治经济学的论著。因此，比较政治经济学在中国还是个新名词。
(注：王亚南一部研究中国经济问题的名著《中国经济原论》（解放后增订重版改名为《中国半封建半殖民地经济形态研究》）就是用马克思政治经济学观点系统地研究中国经济问题，第一次深刻地揭示了中国半封建半殖民地社会的经济运动规律，在国内外学术界引起了巨大反响，并获得了广泛的好评。这一时期，王亚南还发表了《经济科学论纲》、《中国经济论丛》等重要著作，提出了“以中国人的资格来研究政治经济学”等富于创造性的重大理论问题。
一九四三年夏天，著名中国科技史学家李约瑟教授访王亚南于广东坪石，并以中国官僚政治问题就教。王亚南经过五年研究，于一九四八年十月出版了《中国官僚政治研究》一书作为答复。这一著作以历史与逻辑相结合的手法，环环相扣，层层深入，由抽象及具体，由局部到全貌，对中国自秦汉迄于民国的官僚政治形态作了深刻的系统分析，揭示出其运动规律及与中国封建社会长期停滞的关联，颇多卓越创见，至今仍有重要现实意义，堪与《中国经济原论》并称姐妹篇。此外，他还写了《中国官僚政治与官僚资本》等重要著作。)
比较政治经济学领域发展较慢与其研究区域、方向和方法的多样化不无关系。国际政治经济学因为受国际关系的研究影响很大，整个领域只有几个主要理论和一些集中的研究专题，便于学者沟通，也便于领域规范化。比较政治经济学的研究区域、方向多样，而且可能互无联系。比如研究欧洲历史上发展问题的学者可能并不关心当代东亚的经济发展，运用理性选择方法做研究的学者可能很难与以国际体系、国家-社会关系为研究核心的学者沟通。但是，研究区域、方向、方法多样化不能成为没有规范化发展的理由。其实这种情况更需要有基础教科书，全面介绍比较政治经济学的研究范畴、理论发展与研究专题。
比较政治经济学领域的形成与发展也是在八十年代初开始的全球化过程中进行的。很多人认为全球化会引发政治民主化、经济自由化，使各国的政治、经济制度，乃至政治经济关系趋同。如果这样，以比较不同国家不同的内部政经关系为主要特点的比较政治经济学是不是会逐渐失去意义呢？应该不会，理由有四点：第一，各国内部政经关系的不同往往取决于文化、历史、制度的不同和复杂的政治经济互动过程，即使全球化能引发普遍的政治民主化、经济自由化，因为那些不同的存在，民主化和自由化的过程和结果也可能很不一样。第二，全球化不一定是一个有始无终的现象，历史上也有全球化现象的兴衰，它涉及到国际市场、国家与社会三者的互动，这三者是个动态的关系，所以新一轮全球化也会随之而变化；本书第三章和最后的总结与思考部分都会涉及这个主题。第三，全球化使各国的政治经济发展趋同的观点有待探讨。全球化的趋同倾向可能反而会刺激各国、各社会、各文化加强对自己特殊性的保护。第四，比较政治经济学的一个重要学术源头就是出于对国际体系决定国内关系这个观点的反思；比较政治经济学的研究表明，国际体系与国内关系是互动的，而不是一个永远决定另一个，例如古勒维奇在探讨早期欧洲政经发展时提到，普鲁士与波兰处在相似的国际政治和经济体系的位置上，前者发展了，但后者衰落了，这主要取决于它们两国国内政治的不同 。康乃尔大学出版社出版的著名的政治经济学丛书也一直致力于国家间不同政经特点及其对这些国家政经发展、转化道路不同影响的研究 。
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