国子监的教学内容是《大诰》、《大明律令》、《为善阴骘》、《孝顺事实》、《五伦书》和《四书》、《五经》、《资治通鉴》等书。此外学生还需要学习汉代刘向所作的《说苑》以及书法和算术。
在具体的教学管理上，明代国子监有两点值得一提：
一是积分法的实行。明代国子监的积分法实行于洪武十六年（1383年），具体做法是： 刚入监的学生已经通习《四书》但还未学习经书的，先入正义、崇志、广业堂学习经书，每人自选一种。一年半以后，经考试合格者，升入修道、诚心堂。再学习一年半以上，经史兼通、文字表达和意义理解都优秀的，升率性堂。升到率性堂以后，才准许积分。积分的方法：每季的第一个月，考所习经书的大义一道；第二个月考论一道；第三个月考策问一道、判语二条。每次考试，文理俱优的，记1分；理优文劣的，记0.5分；文理都差的，无分。每年积满8分的为及格，给予做官资格。不及格的，照旧学习。当然，其中特别优秀的，则不在此限，但需要国子监上报，由皇帝亲自审批。
二是差遣历事法的实行。差遣始行于洪武初年，就是选派一些学生去巡视全国各地的农田水利或到一些衙门里去帮忙，事情结束后再回监读书。历事法初行于洪武八年（1375年），但当时还属于短期挂职锻炼。历事法作为一种制度，确立于洪武二十九年（1396年）。具体做法是：选择年龄较大、在国子监中已经坐堂学习满一定年限的学生，到中央各衙门里挂职锻炼。三个月后，所在衙门对他进行考核，分勤谨、平常、才力不及、奸懒四个等级上报。被评为勤谨的人送吏部上选簿（任官名册），仍回去历事，等官职有空缺，则按顺序任职。评为平常的仍旧历事。评为才力不及的人送监读书。评为奸懒的人罚充吏役。后来把挂职锻炼称为“正历”，把差遣称为“杂历”。
积分法重在考察学生的学业水平，历事法重在考察学生把理论运用于实践的能力，理论上讲，它们都是有积极意义的。然而法久则蠹生，事久则弊出，历事法实行之后，积分法渐渐不被学生重视，学生只追求在监的年数，以求获得拨历的资格。发展到后来，贿赂监官、虚报坐监月日，无所不为，历事法的本来意义变成了空文。
(二)地方儒学
明代的地方儒学始设于洪武三年（1370年），学校的主要类型是府、州、县学。府学设教授1人、训导4人，州学设学正1人、训导3人，县学设教谕1人、训导2人。学生有廪膳生（有伙食津贴，故称。洪武二年令置：京城所在地府学60人，在外府学40人）、增广生（洪武二十年令置，人数不限；宣德三年定与廪膳生数同）、附学生（正统十二年置）三类。学生由地方官挑选，要求外表俊秀、五官端正、年龄满二十五岁、已经读过《四书》。学校按“礼、乐、射、律、书、数”设科分教，其中礼律书为一科，乐射算为一科，分别由训导负责讲授。教授、学正、教谕掌以经史教育学生。学生的出路基本是通过学校推选进入国子监和参加科举两个。
在明代地方儒学教育中，也有几件事值得注意：
一是洪武十五年（1382年），颁禁令十二条，命各学校镌刻在石碑上，作为全国地方儒学办学的指导方针，这就是所谓的《卧碑》。《卧碑》其实是当时集权政治在地方教育上的反映，如其中规定：在学学生不准讨论“军民一切利病”；但如果地方上有犯上作乱、意图颠覆政权的，则允许各色人等潜往京师面奏。
二是设立提督风宪官。明初地方学校的教育，通常由地方直接管理。在此同时，作为中央统一的教育部署，地方学校也通过监察御史（管理京城所在地的儒学）或按察司（管理在外各州县的儒学）接受中央的督察。明英宗正统元年（1436年），令各地专设按察司副使或佥事一人、南北直隶专设监察御史一人，专门管理地方学政（学校、民俗等），这就是通常所讲的提学官。景泰元年（1450年）罢。天顺六年（1462年）重设。提学官的设置，从理论上讲，对保证地方学校的有序发展是有作用的。
三是地方官的政绩考核中，有一条就是“兴学校”的政绩。洪武五年（1372年）十二月，朱元璋下令今后对地方官进行政绩考核，必须包括“农桑、学校”方面的业绩，不遵此令的，黜退为民。由于地方官直接管理着当地的学校建设，所以这样的规定，对地方学校的发展是有一定保障作用的。
四是加强了地方儒学的教学管理。规定：提学官在任三年内，对所在地的儒学学生进行两次考试，称为岁考。分六等区分学生成绩并予以相应赏罚，其中：名列一等前列者，如果学校中的廪膳生名额不足，则依次补为廪膳生；二等则补增广生。一、二等都给予奖赏。三等照旧；四等挞责；五等则廪膳生降为增广生，增广生降为附学生，附学生降为青衣（打杂活）；六等黜放回家。这一做法为清代所继承。
明代的官学，在中央还有武学、宗学。另外，在中央其他机构中，还有一些教育活动。如钦天监中对天文地理的教学、太医院中对医学知识和技能的教学、四夷馆中的外语教学。其中四夷馆的教学，可能是中国最早的有一定制度的外语教学活动。在地方上，还有阴阳学和医学，它们都不是教育机构，但也带一些学生。
不过，由于科举成了学子谋求高官厚禄的最佳途径，所以明代的官学虽然在制度上非常完备，但实际的发展却不如人意。如国子监，虽然学生可以通过积分或历事获得做官资格，但一些有才能的人都不愿走这条路，而选择参加科举。而且由于积分、历事出路的人数有限，造成国子监学生积压严重，又将一些年老的学生放回家。有一则故事，比较有趣的体现了当时国子监的教育状况：永乐年间，国子监将年纪50岁以上的学生淘汰回家，而当时民间的儒士如果应荐贤良方正，常常可得八品官做。所以有人作诗曰：
五十余年做秀才，故乡依旧布衣回。回家及早养儿子，保了贤良方正来。
社学的功能
明代社学的设置，以官方命令的时间算起，始于洪武八年（1375年）。那年规定：各府州县设立社学，每50家设一所，并把师生的名单上报礼部。但数年以后，即令停办，只让民间德行高尚的人，不限地点，不限学生人数，设立学校，每年十月初开学，腊月终止。洪武十六年（1383年），又命民间自行设立社学，地方官不得干预。正统、天顺年间设立提学官，再令地方官创修社学。此后至崇祯时期，各朝都有关于兴建社学的命令颁布。但终明一代，社学基本上游离于国家整体教育部署之外，并且除部分社学由当地政府拨给一点经费外，学校的经费都是通过捐赠、出租学校产业等方式获得。
书院的兴衰
明初八十余年，书院的发展甚不理想，宋元以来留存的书院，在兴建地方学校和社学的风声中，很多被改建。而因元末战乱毁坏的书院，也无人修整。其中如白鹿洞书院，在元至正十一年（1351年）被焚，直到明英宗正统元年（1436年）才进行了初步修复。至如岳麓书院，则“破屋断垣，隐然荒榛野莽间”。成化、弘治以后，书院才逐渐兴复。兴复的标志，是白鹿洞的全面修葺（1465年），招收学生入内读书，并在后来聘请当时著名的学者胡居仁掌管之。随之岳麓书院也被修复（1469年）。这两所声名卓著的书院的修复，也带动了其他地方书院的兴建和修理。到正德、嘉靖时期，书院进入兴旺发达阶段。这一时期，也是明代思想界最为活跃的时期，以王守仁（1472～1528年，字伯安，号阳明，习称王阳明）为代表的“心学”，在这一时期流行于天下。所以当时书院的兴盛，同王学的影响密不可分。隆庆、万历以后，书院的发展渐趋平稳。
学术常常试图超越政治的限制，而政治却从不允许学术脱离它的羁绊，书院的自由讲学，在政治集权的时代总是会招人非议的，所以在嘉靖、万历、天启年间，就发生了四次禁毁书院的事件。
第一次是在嘉靖十六年（1537年），御史游居敬疏斥当时“江门心学”大家湛若水（1466～1560年）私创书院以倡邪学，结果嘉靖皇帝下令罢掉各处私创书院。
第二次是在嘉靖十七年，吏部尚书许瓒借口各处书院耗费财物，影响官学教育，请令毁罢，也得到执行。
第三次是在万历七年（1579年），张居正掌权，在统一思想的名义下，禁毁天下书院。 这个被后人称为中国十六世纪最伟大的改革家的人物，在上台之初，就严令禁止自由讲学。权势所在，趋附者多，所以当时的知识分子饱受迫害。其中象何心隐，就因得罪过张居正而被讨好张氏的地方官活活打死。
第四次是在天启五年（1625年），这就是臭名昭著的魏忠贤禁毁书院事件。无锡东林书院在这次事件中受害最深。这个以“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心”为宗旨的书院，由于在讲学中对当时宦官专权的政治大肆讥评，得到朝野人士的唱和，而被魏忠贤视为眼中钉，所以当御史张讷诬陷东林等书院意图谋反时，就假传圣旨，将这些书院全部拆毁。
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